Durante el Imperio Romano, fue conocida como Portus Victoriae Iuliobrigensium. Su nombre actual deriva de San Emeterio, de acuerdo a la leyenda, un mártir cuya cabeza fue llevada a allí en el siglo III. En 1187 el rey Alfonso VIII nombró al abad de San Emeterio señor del pueblo y dotó a la villa de un fuero. En 1248 Santander participó, junto a otras villas del cantábrico, en la batalla por la conquista de Sevilla, recibiendo como recompensa un escudo de armas que contiene las imágenes de la Torre del Oro y el río Guadalquivir.
Santander era un puerto importante para Castilla a fines de la Edad Media, así como para el comercio con el Nuevo Mundo. En 1755 Fernando VI otorga a Santander el título de Ciudad. Hasta 1900 el desarrollo de Santander irá unido al comercio creciente con las colonias españolas, siendo el puerto salida de gran parte de los productos de Castilla. Este auge económico hizo florecer una burguesía mercantil que toma protagonismo en el desarrollo urbano de la ciudad con el Ensanche de Santander y la creación de la ciudad-balnerario de El Sardinero como destino de veraneo de la alta sociedad española a principios del siglo XX.
Durante el reinado de Alfonso XIII Santander se convirtió en el lugar de veraneo favorito de la corte. Actualmente continúa siendo un atractivo enclave turístico del norte de España con playas como las de El Sardinero (2 km de longitud) o Península de la Magdalena.
En 1893, se declaró un incendio en el vapor de carga vizcaíno Cabo Machichaco. Iba cargado ilegalmente con dinamita. Explotó en el puerto, acabando con la vida de unas 500 personas que, ajenas al peligro, observaban como se llevaba a cabo la tarea de extinción. La tremenda explosión destruyó gran parte de la zona portuaria.
Posteriormente, en 1941 se produjo un incendio que, avivado por un fuerte viento Sur, arrasó durante dos días toda la parte histórica de la ciudad. En esta ocasión hubo una sola víctima, un bombero en las labores de extinción, aunque miles de familias perdieron sus hogares dejando a la ciudad sumida en el caos. El incendio destruyó la mayor parte de la puebla medieval y su reconstrucción estuvo precedida por un proceso de renovación urbana que cambió parte importante de la configuración de la ciudad.
La necesidad de alojar a un importante número de familias que se quedaron sin casa tras el incendio dio lugar a una expansión urbana y a una configuración organicista de Santander. Desde los años 50 a los 70 el crecimiento urbano toma un carácter desordenado y especulativo con la construcción de numerosas promociones de bloques de viviendas de escasa calidad y nula urbanización para el alojamiento de la población trabajadora.
En los últimos decenios el crecimiento de Santander desborda la periferia de la ciudad con construcciones inmobiliarias de menor tamaño y destinadas a la residencia de primera y segunda vivienda (esta última de especial importancia). Destaca la zona de El Sardinero que cambia su morfología de ciudad-jardín a área residencial y de ocio de Santander, la zona de Nueva Montaña con terrenos industriales recuperados para la actividad residencial y comercial, el cerro del Alisal, la avenida de Los Castros y la expansión urbana a lo largo de la ladera norte de la vaguada de las Llamas.
En los años 80 el puerto de Santander fue desplazado del centro de la ciudad y durante los últimos años Santander está en un proceso de recuperación de su margen sur frente a la Bahía de Santander. El traslado de toda la actividad portuaria al Puerto de Raos ha sido paulatino, a excepción el tráfico marítimo de pasajeros que se centraliza en su estación marítima frente al Paseo de Pereda.
Actualmente el crecimiento de la actividad portuaria, el incremento del tráfico de mayor valor añadido (vehículos y contenedores principalmente frente a los graneles líquidos y sólidos) que requieren para su almacenaje una gran cantidad de un suelo ya escaso y el insuficiente calado para algunos tipos de buques, está obligando la Autoridad Portuaria a considerar la construcción a largo plazo de un puerto exterior fuera de la bahía.
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